Kapellimestarina hän on kiertänyt ympäri maailmaa ja johtanut lukuisten oopperatalojen esityksiä mm. Verdi Rigoletton Macaussa, Mozartin Figaron Häät Opera Irelandissa, Boiton Mefistofeleen Savonlinnan oopperajuhlilla, Puccinin Il Tritticon jälleen Macaussa. Vuonna  2009 Hämäläinen kutsuttiin johtamaan Opera Australian tuotamaa Mozartin Taikahuilua ja Savonlinnassa hän johti Puccinin Turandotin. Hänen viimeaikaiset teoksensa ovat olleet Verdin Macbeth Pekingin Festivaaleilla, Taikahuilu Opera Hong Kongissa, Wagnerin Die Walküre Hawaijin Oopperassa ja Tosca Teatro Carlo Felicessä, Genovassa.

Jari Hämäläisen oopperaohjelmisto on laaja käsittäen tähän mennessä yli 45 oopperaa Beethovenin Fideliosta Hindemithin Cardillaciin. Vuonna 1999 hän debytoi Frankfurtin oopperassa johtaen Don Giovanni, Suomen Kansallisoopperassahän on johtanut Carmenin Agnes Baltsa tähtenään sekä Mozartin Ryöstö Seraljista. Jari on johtanut lukuisia sinfoniaorkestereita, joista mainittakoon Münchenin, Mexico Cityn ja Stuttgartin Filharmooniset orkesterit, Orchestra di Teatro Carlo Felice ja Orchestre de l’ Opera National De Lorraine.