Markus Lehtisen kansainvälinen kapellimestarinura käynnistyi hänen saavuttaessaan jaetun voiton Pohjoismaisissa kapellimestarikilpailuissa Tukholmassa 1987. Hänet kiinnitettiin pian Kööpenhaminan Kuninkaalliseen Oopperaan kapellimestariksi 1988-93 ja vuodesta 1992 hän on vieraillut säännöllisesti myös Tukholman Kuninkaallisessa Oopperassa osallistuen monille ulkomaanvierailuille mm. Kreikassa, Yhdysvalloissa ja Tsekissä.
Suomen Kansallisoopperassa Lehtinen on ollut kiinnitettynä 1985-88 ja 1992-97 ja sen jälkeen vierailevana kapellimestarina. Vuosina 1999-2002 Lehtinen toimi Jyväskylä Sinfonian ylikapellimestarina ja Malmön Sinfoniaorkesterin päävierailijana. Keväällä 1993 Lehtinen debytoi Hampurin Valtionoopperassa Prokofjevin Tuhkimo- baletin kapellimastarina. Hampurin vierailut ja balettiyhteistyö John Neumeierin kanssa ovat jatkuneet vuosittain. Vierailut saksalaisissa oopperataloissa ovat laajentuneet mm. Berliinin Deutsche Operiin, mm. Henzen Undine, Mozartin Taikahuilu, Puccinin Turandot, Verdin Aida ja Wagnerin Lentävä Hollantilainen, ja Baijerin Valtionoopperaan mm. Stravinskin Kevätuhri.
Lehtisen johtamien ooppera- ja balettikantaesitysten luettelo on mittava: Sir Peter Maxwell Davisien Caroline Mathilde, Rodion Shchedrinin Lolita yhdessä Mstislav Rostropovitshin kanssa, Georges Couroupoksen Odysseus, Aulis Sallisen Kuningas lähtee Ranskaan, Einojuhani Rautavaaran Aleksis Kivi ja Tuomas Kantelisen Paavo Nurmi. Kesällä 2007 Lehtinen johti Suomen Eduskunnan 100-vuotisjuhlan kunniaksi tilatun Olli Kortekankaan oopperan Isän tyttö Savonlinnan Oopperajuhlilla.
Lehtinen tunnetaan myös liedpianistina, arvostettuina partnereinaan mm. Raimo Sirkiä, Matti Salminen, Jaakko Ryhänen, Karita Mattila, Soile Isokoski, Jorma Hynninen, Tommi Hakala ja Monica Groop. Yhteistyö laulajien kanssa juontaa juurensa Savonlinnan Oopperajuhlille, jonka toimintaan Lehtinen on aktiivisesti ja monipuolisesti osallistunut 1980-luvun alusta lähtien.
Lehtinen valittiin Savonlinnan Oopperajuhlien Vuoden Taiteilijaksi 2005. Samana vuonna hän johti Matti Salmisen 60 -vuotisgaalakonsertin. Lehtinen on johtanut Oopperajuhlilla kuusi eri produktiota. Hän on toiminut Savonlinnan taiteellisen toimikunnan jäsenenä 2002-2005.
Syksystä 2004 alkaen Markus Lehtinen on toiminut Sibelius-Akatemian oopperakoulutuksen professorina. Hän oli myös Sibelius-Akatemian ensimmäisen talvifestivaalin, SibaFestin taiteellinen johtaja 2006. Pedagogisista tehtävistä pitkäaikaisin on ollut toiminta Espoon musiikkiopistossa Tapiolan Nuorten Sinfonikkojen taiteellisena johtajana 1993-2006.
Lehtisen muusta taiteellisesta toiminnasta mainittakoon mestarikurssit mm. Kim Borgin ja Matti Salmisen kanssa sekä kapellimestarikurssit Pohjoismaissa. Levytyksiä hän on tehnyt Finlandia Recordsille ja Ondinelle, jolle hän on levyttänyt mm. Einojuhani Rautavaaran Aleksis Kivi-oopperan.
